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* gnu: sra-tools: Update to 2.5.7.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: ncbi-vdb: Update to 2.5.7.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: ngs-sdk: Update to 1.2.3.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: Add sortmerna.Ben Woodcroft2016-01-25
* gnu: Add cufflinks.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: Add TopHat.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: star: Update to 2.5.1b.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: star: Use "modify-phases" syntax.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: r-qtl: Update to 1.38-4.Pjotr Prins2016-01-21
* gnu: samtools-0.1: Adapt to changes in "samtools" variable.Ricardo Wurmus2016-01-16
* gnu: r-go-db: Add missing input.Ricardo Wurmus2016-01-14
* gnu: bowtie: Update to 2.2.6.Ricardo Wurmus2016-01-14
* gnu: orfm: Update to 0.5.3.Ben Woodcroft2016-01-14
* gnu: samtools: Update to 1.3.Ricardo Wurmus2016-01-13
* gnu: Add fxtract.Ben Woodcroft2016-01-12
* gnu: bedtools: Update to 2.25.0.Ben Woodcroft2016-01-11
* gnu: bedtools: Use modify-phases.Ben Woodcroft2016-01-11
* gnu: Add missing (gnu packages gcc) import.Mathieu Lirzin2016-01-08
* gnu: Add genomation.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add seqPattern.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add impute.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add BSgenome.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add topGO.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GO.db.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GenomicFeatures.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add rtracklayer.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GenomicAlignments.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add SummarizedExperiment.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Rsamtools.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Biostrings.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add BiocParallel.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add biomaRt.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add AnnotationDbi.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Biobase.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: edirect: Update to 3.50.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add and use default IcedTea.Ricardo Wurmus2016-01-06
* gnu: Add Jellyfish.Ricardo Wurmus2016-01-06
* gnu: Add fraggenescan.Ben Woodcroft2015-12-29
* gnu: Add GenomicRanges.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add XVector.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add GenomeInfoDb.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add IRanges.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add S4Vectors.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add BiocGenerics.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: Add r-acsnminer.Ricardo Wurmus2015-12-21
* gnu: mafft: Update to 7.267.Ben Woodcroft2015-12-21
* gnu: Add snap-aligner.Ben Woodcroft2015-12-11
* gnu: python-biopython, python2-biopython: Update to 1.66.Ben Woodcroft2015-12-10
* gnu: preseq: Update to 2.0.Ricardo Wurmus2015-11-20
* gnu: Add smithlab-cpp.Ricardo Wurmus2015-11-20