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* gnu: r-topgo: Add missing input.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: Add r-graph.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: Add r-org-mm-eg-db.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: Add r-org-dm-eg-db.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: Add r-org-ce-eg-db.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: Add r-org-hs-eg-db.Ricardo Wurmus2016-02-24
* gnu: htseq: Add PySam to inputs.Ricardo Wurmus2016-02-16
* gnu: Add StringTie.Ricardo Wurmus2016-02-16
* gnu: prodigal: Update to 2.6.3.Ben Woodcroft2016-02-16
* gnu: r-annotationdbi: Update to 1.32.3.Ricardo Wurmus2016-02-15
* gnu: vsearch: Update to 1.10.0.Ben Woodcroft2016-02-15
* gnu: macs: Update to 2.1.0.20151222.Ricardo Wurmus2016-02-12
* gnu: macs: Use "pypi-uri".Ricardo Wurmus2016-02-12
* gnu: Update sortmerna to 2.1.Ben J. Woodcroft2016-02-02
* gnu: sra-tools: Update to 2.5.7.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: ncbi-vdb: Update to 2.5.7.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: ngs-sdk: Update to 1.2.3.Ben Woodcroft2016-01-26
* gnu: Add sortmerna.Ben Woodcroft2016-01-25
* gnu: Add cufflinks.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: Add TopHat.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: star: Update to 2.5.1b.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: star: Use "modify-phases" syntax.Ricardo Wurmus2016-01-23
* gnu: r-qtl: Update to 1.38-4.Pjotr Prins2016-01-21
* gnu: samtools-0.1: Adapt to changes in "samtools" variable.Ricardo Wurmus2016-01-16
* gnu: r-go-db: Add missing input.Ricardo Wurmus2016-01-14
* gnu: bowtie: Update to 2.2.6.Ricardo Wurmus2016-01-14
* gnu: orfm: Update to 0.5.3.Ben Woodcroft2016-01-14
* gnu: samtools: Update to 1.3.Ricardo Wurmus2016-01-13
* gnu: Add fxtract.Ben Woodcroft2016-01-12
* gnu: bedtools: Update to 2.25.0.Ben Woodcroft2016-01-11
* gnu: bedtools: Use modify-phases.Ben Woodcroft2016-01-11
* gnu: Add missing (gnu packages gcc) import.Mathieu Lirzin2016-01-08
* gnu: Add genomation.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add seqPattern.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add impute.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add BSgenome.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add topGO.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GO.db.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GenomicFeatures.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add rtracklayer.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add GenomicAlignments.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add SummarizedExperiment.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Rsamtools.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Biostrings.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add BiocParallel.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add biomaRt.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add AnnotationDbi.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add Biobase.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: edirect: Update to 3.50.Ricardo Wurmus2016-01-07
* gnu: Add and use default IcedTea.Ricardo Wurmus2016-01-06